Структура НБУ строится по принципу централизации с вертикальным подчинением. К системе Нацбанка входят: центральный аппарат; филиала (территориальные управления); расчету палаты; Банкнотно-монетний двор; фабрика банкнотной бумаги; Государственная казна Украины; Центральное хранилище; специализированные предприятия; банковские учебные заведения.

Работниками Национального банка являются служащие и обслуживающий персонал. Служащие НБУ являются государственными служащими. Кроме ограничений, установленных Законом Украины «О государственной службе», служащим НБУ запрещается: входить в руководящие органы и быть акционерами коммерческих банков и других финансово-кредитных учреждений; получать ссуды от любых других кредитных учреждений, за исключением Национального банка Украины; разглашать служебную и коммерческую тайну, в том числе после прекращения работы в Национальном банке.

Соответственно ст. @ 53 закона Украины «О Национальном банке Украины» не допускается вмешательство органов законодательной и исполнительной власти или их должностных лиц во исполнение функций и полномочий органов управления НБУ иначе, как в пределах, определенных этим Законом.

Национальний банк Украины подотчетный Президенту Украины и Верховной Раде Украины в пределах их конституционных полномочий. Подотчетность означает: 1) назначение на должность и освобождение от должности главы НБУ, членов Рады НБУ; 2) доклад Главы НБУ Верховной Раде Украины о деятельности НБУ; 3) предоставление Президенту Украины и Верховной Раде Украины дважды на год информации о состоянии денежно-кредитного рынка в государстве.

НБУ поддерживает экономическую политику Кабинета Министров страны, если она не противоречит обеспечению стабильности денежной единицы Украины. НБУ и Кабинет Министров Украины проводят взаимные консультации по вопросам денежно-кредитной политики, разработки и осуществление общегосударственной программы экономического и социального развития.

Национальный банк Украины есть экономически самостоятельным органом, который осуществляет расходы за счет собственных доходов в пределах утвержденной сметы.

Национальный банк имеет отделенное имущество, что является объектом права государственной собственности и находится в его полном хозяйственном ведении.