Система органов Государственной налоговой службы включает: Государственную налоговую администрацию Украины, государственные налоговые администрации в Автономной Республике Крым, областях, городах Киеве и Севастополе, государственные налоговые инспекции в районах, городах (кроме городов Киева и Севастополя), районах в городах. В составе органов государственной налоговой службы находятся соответствующие специальные подразделы по борьбе с налоговыми правонарушениями - налоговая милиция.

Главными задачами органов государственной налоговой службы есть обеспечения единой системы контроля за соблюдением налогового законодательства, правильности вычислений, полноты и своевременности уплаты к бюджетам, государственным целевым фондам налогов и сборов (обязательных платежей), а также неналоговых доходов, установленных законодательством Украины.

Органы государственной налоговой службы формируют и ведут государственный реестр физический лиц - налогоплательщиков и других обязательных платежей, а также Единый банк данных о налогоплательщиках - юридических лиц.

Свою деятельность органы государственной налоговой службы Украины координируют с финансовыми органами, органами государственного казначейства Украины, органами безопасности, внутренних дел, прокуратуры, статистики, государственного таможенного контроля и контрольно-ревизионной службой, другими контролирующими органами, учреждениями банков, а также с налоговыми службами других государств.

Государственная налоговая администрация Украины (ГНА Украины) — центральный орган исполнительной власти, вышестоящий орган в системе органов государственной налоговой службы Украины. Образованная соответственно Указу Президента Украины от 22.08.96 на базе Главной государственной налоговой инспекции Украины. Действует на основании Закона Украины «О государственной налоговой службе в Украине» от 04.12.90 с дальнейшими изменениями и дополнениями, Положение о Государственной налоговой администрации Украины, утвержденного Указом Президента Украины от 13.07.00.

Государственной налоговой администрации Украины подчиненные государственные налоговые администрации в Автономной Республике Крым, областях, городах Киеве и Севастополе, которым, в свою очередь, подчиненные государственные налоговые инспекции в районах, городах (кроме городов Киева и Севастополя), районах в го родах, а также межрайонные и объединенные государственные налоговые инспекции.