Контроль за отдельными сторонами деятельности предприятия осуществляют государственная налоговая инспекция, государственная контрольно-ревизионная служба, государственные органы, к полномочиям которых входит надзор за безопасностью производства и работы, противопожарной и экологической безопасностью, а также другие контрольно-надзорные органы.

Ликвидация и реорганизация предприятия должны проводиться при суровом соблюдении требований антимонопольного законодательства по решению владельца, а в отдельных случаях требуется участие в этом процессе коллектива работников или органа, который уполномоченный создавать такие предприятия, или по решению суда или хозяйственного суда. Законодатель также установил дополнительные случаи, при наступлении которых предприятие может быть ликвидировано, в частности это: признание его банкротом; принятие решения о запрете деятельности предприятия через невыполнение условий, установленных законодательством, если в предусмотренный решениям срок не обеспечено соблюдения этих условий или не изменен вид деятельности; если решением суда будут признанные недействительными учредительные документы и решения о создании предприятия; другие основания, предусмотренные действующим законодательством.

Отдельно необходимо остановиться на особенностях управления казенным предприятием. В частности, его осуществляют органы, наделенные полномочиями относительно управления соответствующим государственным имуществом. К таким органам управления принадлежат министерства и другие центральные органы исполнительной власти. К основным полномочиям этих органов необходимо отнести такие, как назначение на должность и освобождение от должности по согласованию с правительством руководителя казенного предприятия, утверждение его устава и внесение к нему соответствующих изменений, осуществление контроля за соблюдением устава и принятие решений при его нарушении. Кроме того, министерства и другие центральные органы исполнительной власти осуществляют контроль за эффективностью использования имущества, которое есть в государственной собственности и закрепленное за казенным предприятием, а также планирование и финансовый контроль за хозяйственной деятельностью казенного предприятия; утверждают финансовый план и план развития казенного предприятия и обязательно заключают с ним государственные контракты на поставку продукции для удовлетворения государственных нужд и т.п..